Après avoir battu Jorge Martin au départ du sprint de samedi, Marc Marquez a attendu encore un peu avant de prendre les commandes du MotoGP japonais dimanche à Motegi.
Deuxième lors des premiers tours du Grand Prix, Márquez a su répondre à chaque fois que Martin tentait de s'échapper.
La star de Ducati a ensuite réalisé un brillant dépassement à mi-course, plongeant à l'intérieur de Martin au virage neuf.
Malgré tous les efforts de Martin pour rester avec Márquez, le champion du monde 2024 n'a finalement pas eu de réponse et a été contraint de se contenter de la deuxième position.
Gagner le Grand Prix du Japon semblait très probable pour Márquez après le sprint de samedi. Cependant, un changement majeur a été apporté avant la course principale lorsque Michelin a retiré le pneu arrière tendre de l'allocation.
Les craintes d'une surchauffe extrême signifiaient que les pilotes ne pouvaient choisir qu'entre le médium défavorisé ou l'arrière dur.
Les pilotes et les équipes disposant de très peu de données sur l'arrière dur tout au long du week-end, il n'était pas clair à qui le composé le plus dur conviendrait.
Au début, il semblait que les Aprilia s'adaptaient mieux que quiconque au boîtier dur, mais Márquez allait bientôt montrer son potentiel.
La victoire du nonuple champion du monde signifie qu'il n'est plus qu'à deux points de Martin en route pour l'Indonésie, où Aprilia devrait avoir l'avantage sur Ducati.

La dernière place sur le podium est revenue à Bezzecchi, qui a fait face à la pression tardive d'Enea Bastianini de Tech3 KTM.